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El número total de microorganismos y material genético que habita en el hombre, microbioma humano, tiene implicaciones directas en el proceso salud-enfermedad. Una gran cantidad de enfermedades autoinmunes, alérgicas, endocrino-metabólicas y gastrointestinales están asociadas al desbalance del microbioma. En la era posgenómica es creciente el número de publicaciones científicas sobre el tema, de actualidad en medicina y biología. En este sentido, se realizó una revisión bibliográfica con los recursos disponibles en la red Infomed: PubMed, Hinari, The Cochrane Library, SciELO, MedicLatina y Lilacs, con el objetivo de describir los avances en el estudio del papel del microbioma humano en el proceso salud–enfermedad. Resulta abundante la literatura científica actualizada sobre el tema. Se recopilaron investigaciones cuyo contenido detalla: como interviene el microbioma en el desarrollo de las enfermedades alérgicas y asma, en la generación de trastornos neurodegenerativos, la enfermedad celíaca, afecciones del tracto digestivo, obesidad, diabetes mellitus tipo II, enfermedades hepáticas, artritis reumatoide, enfermedad renal crónica y la manipulación terapéutica del microbioma. Los conocimientos sobre el microbioma humano pueden trazar nuevas pautas preventivas, diagnósticas y terapéuticas acerca de una gran variedad de enfermedades.