El carcinoma epidermoide conjuntival es un tumor maligno de anexos oculares poco habitual. Está asociado a múltiples factores de riesgo, entre ellos, la infección por el virus del papiloma humano, el que constituye un serio problema sanitario a nivel mundial. Se presenta el caso de una paciente de 39 años de edad, que acudió a consulta de oftalmología por lesión lobulada que interesaba la córnea en el ojo derecho, de seis meses de evolución, acompañada de lagrimeo escaso y dolor de intensidad leve, que aliviaba con analgésicos habituales. Por las características clínicas y macroscópicas de la lesión, fue interpretada como una neoplasia intraepitelial conjuntival. Se procede a intervenir quirúrgicamente, para realizar excéresis y estudio anatomopatológico. Se concluye el diagnóstico como carcinoma epidermoide moderadamente diferenciado e infiltrante de conjuntiva bulbar, asociado a cambios citotóxicos por virus del papiloma humano, confirmado por positividad nuclear y citoplasmática para el marcador inmunohistoquímico p16.